La gestione della qualità ISF include misure per garantire i requisiti di qualità definiti nei programmi di certificazione e controllare l’applicazione dello standard nella pratica.
La cooperazione di IFS con gli enti di certificazione è condizione fondamentale per una buona riuscita della gestione della qualità. I regolamenti attinenti sono formalizzati nello standard e nell’Allegato 4 del contratto IFS che deve essere firmato dagli enti di certificazione.

Le aziende certificate IFS sono obbligate a soddisfare i requisiti definiti nello standard. I rispettivi standard IFS forniscono idonee informazioni sul sistema di gestione qualità IFS, ma le informazioni su questi argomenti non possono essere trovate solo negli standard IFS. Come indicato nel contratto , gli enti di certificazione  hanno il dovere di informare  circa l’IFS Integrity Program, le rispettive aziende presso le quali svolgono gli audit.

Per garantire uno sviluppo continuativo delle procedure di gestione qualità IFS, IFS svole regolari riunioni all’interno di un Gruppo di Lavoro Assicurazione Qualità, composto da rappresentanti internazionali provenienti dal settore alimentare quali esperti e retailer.
Inoltre, i risultati dell’IFS Integrity Program (e programma Food checks) sono presentati all’interno dei gruppi di lavoro nazionali ed internazionali di IFS e sono discussi con particolare attenzione sull’efficacia delle diverse misure adottate dall’assicurazione qualità .