La Gestión del aseguramiento de la calidad de IFS incluye medidas para asegurar tanto la calidad del esquema de certificación como el control de la implementación de las normas de IFS en la práctica. La cooperación entre IFS con la entidades de certificación es una condición previa para el éxito de la gestión de la calidad. Las directivas vigentes están en la norma y en el anexo 4 del acuerdo marco de IFS, en cual tiene que ser firmado por las entidades de certificación.

Las empresas certificadas por IFS están obligadas a cumplir con los requisitos definidos en las normas. Las cuales proporcionan información apropiada sobre el sistema de gestión de la calidad de IFS. Aunque la información acerca este tema no se encuentra solo en las normas de IFS. Por conformidad con el Acuerdo Marco las entidades de certificación están comprometidas a informar a las correspondientes empresas, donde realizan las auditorías IFS, acerca del Integrity Program de IFS.Con el fin de garantizar el desarrollo continuo de la gestión de calidad de IFS se organiza reuniones periódicas con el grupo de trabajo de aseguramiento de la calidad, compuesto por representantes internacionales.

Los resultados del “Integrity Program” (y el programa Food Checks) son presentados en grupos de trabajo nacional e internacionales de IFS donde se discute sobre la eficiencia de las diferentes medidas de aseguramiento de la calidad.