Das Qualitätsmanagement des IFS umfasst Maßnahmen zur Sicherstellung der festgelegten Qualitätsanforderungen der angebotenen Zertifizierungsprogramme sowie zur Überprüfung der Umsetzung der IFS Standards in der Praxis. Eine enge Zusammenarbeit zwischen dem IFS und den Zertifizierungsstellen  ist Grundvoraussetzung für ein erfolgreiches Qualitätsmanagement. Die dafür geltenden Richtlinien sind im Annex 4 des von den Zertifizierungsstellen zu unterzeichnenden Rahmenvertrages mit dem IFS als auch in den IFS Standards selbst festgeschrieben.

Alle IFS-zertifizierten Betriebe sind dazu verpflichtet, die in den Standards definierten Anforderungen einzuhalten. Die jeweiligen IFS Standards geben entsprechend Auskunft über das IFS Qualitätsmanagementsystem. Doch nicht nur die IFS Standards fungieren diesbezüglich  als Informationsmedium. Auch die Zertifizierungsstellen sind gemäß Rahmenvertrag verpflichtet,  entsprechende Unternehmen, bei denen sie IFS Audits durchführen, über das  Integrity Program des IFS zu unterrichten.

Um eine stete Weiterentwicklung des IFS Qualitätsmanagements gewährleisten zu können, finden im regelmäßigen Turnus Arbeitstreffen  einer international zusammengesetzten Quality Assurance Working Group statt.
Die Ergebnisse des IFS Integrity Programs sowie der IFS Food Checks werden außerdem in den nationalen und internationalen Gremien des IFS vorgestellt und mit dem Fokus auf Wirksamkeit der Qualitätssicherungsmaßnahmen diskutiert.